一般來說，超聲波清洗機清洗的工藝流程依被清洗物體清洗的難易程度及清洗數量而決定。主要清洗流程如下：
1)熱浸洗或噴洗：目的是將工件上的污染物軟化、分離、溶解，并減輕下道清洗工序的負荷。
2)超聲波清洗機清洗：利用超聲波產生的強烈空化作用及振動將工件表面的污垢剝離脫落，同時還可將油脂性的污物分解、乳化。
3)冷漂洗：利用流動的凈水將已脫落但尚浮在工件表面上污物沖洗干凈。
4)超聲波漂洗：溶劑為干凈的清水，工件浸入后，利用超聲波將浮在工件各邊、角及孔隙處的污物清洗干凈。
5)超聲波清洗機熱凈水及冷凈水漂洗：進一步去除懸附在工件表面上的污物微粒。
6)超聲波清洗機熱風烘干：利用一定的溫度和風速，使零件表面快速干燥。